Dikirim dari rumah yatim piatu di sebuah kota kecil menuju pinggiran laut di Hokkaido, Anna merasa terjebak dalam kehidupannya yang terasa suram dan terpisah dari dunia di sekelilingnya. Dalam kepercayaannya, ia merasa dirinya berada di luar jangkauan sihir yang menghubungkan orang-orang, membuatnya sulit untuk merasa dekat dengan siapapun. Namun, segalanya berubah ketika Anna bertemu Marnie, seorang gadis misterius yang tinggal di sebuah rumah tua di tepi pantai. Marnie adalah teman yang penuh kasih dan tidak menghakimi Anna atas apapun. Pertemanan mereka membawa Anna pada perjalanan yang mengagumkan, di mana ia mulai merasakan kehangatan dan kebahagiaan yang lama dia cari. Sementara Anna menemukan kedamaian dalam persahabatan barunya, misteri di seputar identitas sebenarnya Marnie mulai menghantui pikirannya.